Vacunar significa prevenir enfermedades (virales principalmente) mediante una inyección de formas debilitadas o muertas de un patógeno (virus o bacteria según sea el caso). Por tanto:

- Inyectar ivermectina para curar o prevenir la sarna NO es vacunar. La ivermectina es un químico y la sarna es causada por un parásito.
- Inyectar el virus de la distemper a un canino para prevenir esta enfermedad SI es vacunar. La distemper es causada por un virus, y una vez que se inocula este virus muerto o debilitado en un perro, el animal desarrolla defensas que impedirán un futuro brote de la enfermedad.


                                                        Imagen: http://www.conejopedia.com/

Ahora sí yendo a la pregunta, la respuesta depende de la localidad donde te encuentres. Normalmente, todo libro de conejos te menciona sobre dos vacunas que debe tener: Mixomatosis y Hemorragia vírica. Estas enfermedades virales se presentan en casi todo el mundo, así que es muy común ver la sugerencia de diversos profesionales y personas comunes recomendando vacunar. No obstante, en la mayoría de países latinoamericanos no es necesario vacunar debido a que los virus de dichas enfermedades no han ingresado a países como Perú, Colombia, Ecuador, Chile, entre otros.

Entre los países de Latinoamérica que sí vacunan tenemos a México, porque en este país sí se han dado casos de las enfermedades mencionadas, y la vacunación es necesaria para prevenir la mixomatosis y la hemorragia vírica. En el caso de España, también se vacuna porque estas enfermedades están latentes.

Referencia

El Peruano, 2016. ´Resolución directoral N 0018-2016-Minagri'Senasa-DSA: Establecen requisitos sanitarios específicos de cumplimiento obligatorio para la importación de animales procedentes de Suiza, Argentina, Colombia y México´. 

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